為確保次級河流水環境安全，近年來，在市委、市政府的高度重視下，我市結合《三峽庫區及其上游水污染防治規劃（修訂本）》的實施，切實加大了次級河流污染的整治力度并取得成效。
一是加強指導。2004年，市政府辦公廳印發了《關于加快推進我市次級河流水污染綜合整治工作的意見的通知》，市環保局專門印發了《次級河流水污染綜合整治規劃編制導則》對各區縣次級河流綜合整治的前期工作給予指導。
二是加快推進次級河流綜合整治。2005年8月，我市編制了《重慶市“碧水行動”實施方案》在全市全面實施了“碧水行動”。2008年，市政府印發了《重慶市三峽庫區及其上游水污染防治規劃（修訂本）實施方案的通知》，進一步推進了次級河流試點項目及水環境項目的實施進度。2009年2月，為積極應對國家拉動內需的新政策，市環委員會三屆二次全體會議原則通過了《關于加快次級河流綜合整治和水環境項目建設實施意見》，對主城區污染較重的11條次級河流明確了市級部門和區縣政府責任，提出了項目前期工作、項目開工時間和項目推進及水質“雙目標”考核等要求，將進一步促進主城區次級河流的綜合整治。
三是規范畜禽養殖和控制面源污染。市農委會同市環保局、市市政委下發了《關于加強畜禽養殖場污染整治的意見》，開展了畜禽限養區、適養區內畜禽養殖場綜合治理，啟動了梁灘河流域畜禽養殖污染治理。加強主城次級河流農村面源污染防治，積極推廣生態家園富民工程，促進了綠色農業發展。
四是加大工業企業污染治理和管理的力度，繼續對現有不符合環保要求的企業進行分類處理，做到“關閉一批、遷建一批、整改一批”，確保達標排放。我市納入《規劃（修訂本）》中的86個工業污染治理項目，目前已全部完成可研報告的編制，其中76個項目完成可研審查并上報國家發改委，國家已下達其中8個項目的投資計劃，核準復函同意項目數26個，其中部分項目已開工建設。
五是推進小城鎮污水處理廠和城市三級管網建設力度，2008年主城排水三級管網改造工程超額完成100公里的年度目標任務，城市生活污水集中處理率進一步提高。小城鎮污水處理廠建設的前期工作全面展開。
六是嚴格項目準入條件，嚴格執行環境評價審批制度和環保“三同時”制度，強化預防監管，防止對水質有嚴重影響的新污染源進入小流域。
七是加強執法監管。近年來，市環保局開展了造紙、碳酸鍶、電鍍污染的專項整治，開展環境執法專項行動，有效控制了工業污染，促進了部分流域水質的改善。
