污水處理設施建設、養殖業污染整治、飲用水源安全、控制工業污染物排放和流域生態保護是福建省三明市今、明兩年流域整治的重點和難點。自流域整治以來，福建三明市直有關部門和各縣(市、區)政府多措并舉，使流域整治重點難點工作取得新突破，有效保障下游省會城市的水源。
重點推進生活污水垃圾治理工作
籌集1.22億元，抓好市區污水管網建設改造工程，重點實施7個管網改造項目，污水處理負荷率已由1.2萬噸/日提高到近2萬噸/日。按照目標要求，實行倒排工作進度，加快推進7個縣的城鎮污水處理廠建設。抓緊實施垃圾處置設施建設，對年內需要建成的尤溪、建寧、泰寧、大田4個垃圾處理項目均采用BOT方式建設，目前均已完成前期工作。個別縣已完成部分主體工程，建設工作有序進行。
大力整治畜禽養殖業污染
福建三明市把畜禽養殖業污染整治作為流域綜合整治的難點，著重對畜禽養殖禁養區內存欄生豬50頭以上規模養殖場進行摸底調查，督促指導各縣(市、區)于8月底前完成畜禽養殖禁養區、禁建區的重新劃定工作。
著力保障飲用水源安全
有序取締集中式飲用水源保護區內開礦、采砂和各類生產性、經營性排污口。認真落實省政府下達的為民辦實事項目。建成三明市區東牙溪水源地中村鄉生活污水人工濕地處理項目、尤溪縣自來水廠東村溪飲用水源地截污溝及明溪縣羅翠水庫水源保護區標志牌設立和圍網建設等項目。不斷完善水源保護區周邊和上游事故多發公路路段的防撞墻、污水收集等防護設施，保障水源安全。
從嚴控制工業污染物排放
圍繞重點行業、重點企業、重點區域，實施結構減排、工程減排、監管減排。突出抓好全市52家制漿造紙企業廢水深度治理工作，完成了青山紙業、建寧鐃山紙業等11家企業的廢水深度治理。積極落實氨氮減排計劃，重點督促三化、清流氨盛化工等6家企業按要求制定氨氮減排計劃。推進工業園區污水集中處理，加快沙縣金沙園區、泰寧工業園區、永安尼葛園區、將樂經濟開發區等污水集中處理項目建設，提高園區污水處理能力。積極引導支持企業實行清潔生產，從嚴控制新污染源，把好建設項目環保審批關，強化項目的評估和審查，清查2000年以來已審批未驗收的建設項目，分期分批下達驗收計劃。
深化流域生態環境保護
對涉及重點流域和水源保護區的14個采礦權、探礦權項目進行整治，同時，完成飾面石材礦山情況的調查摸底，對達不到最小開采規模、位于重點流域沿岸一重山范圍內的采礦許可證，不再辦理采礦權延續手續。規范河道采砂，開展以打擊無證采砂、整治和規范河道采砂秩序為重點的專項行動。投入1000多萬元育林基金，專項用于江河沿岸綠化、樹種改造和綠色通道工程建設，全市共完成植樹造林54.68萬畝，建成國道、省道沿線綠化帶314.91公里，區劃界定生態公益林714.2萬畝。
